Allora, Skype lo ho installato ma non lo uso mai, per cui non ti posso dare molto feedback. Cerca nella wiki, ci sarà di sicuro un how-to.

Per masterizzare uso K3B che IMHO è nettamente il migliore. Ovviamente dovrai soddisfare un po' di dipendenze da pacchetti di KDE, ma fa tutto apt-get.

Non ho ben capito, comunque se clicci col destro, proprietà puoi mettere l'icona che vuoi.