Dipende da quel che ci devi fare con quei dati. Se è un archivio ti frega poco averlo in sola lettura, se invece ci scrivi è ovvio che non andrà bene.
Se vuoi condividere tra Win e Linux è meglio una partizione FAT32, sulla quale hai pieno controllo da entrambi gli OS. Ovviamente su linux è meglio formattare in Ext3 o ReiserFS, ma sono partizioni che su Windows non vedrai.