Sempre ad esempio: non possono indicare -3 euro anche nella fattura seguente perché a questo modo il tuo credito risulterebbe di 6 euro e non più di 3.
Molto semplicemente dovrebbero (il condizionale con 3 é d'obbligo) scalare la nota di credito direttamente dal pagamento con carta di credito. Ovvero con -3 la vecchia fattura e +10 la nuova, dovrebbero prelevarti dalla carta solo 7 euro e compensare.