Puoi rinominare i mount point come vuoi, ma tieni presente che il carattere ":" non è ammesso, quindi al massimo li puoi chiamare C D E F ecc senza i ":".
Ad ogni modo il metodo più veloce è quello che ti ho suggerito io prima... Il nome che vedi di solito corrispionde alla label del disco, e solo se il disco è senza label ti riporta una roba del tipo: "Volume 500GB" ecc ecc. Perciò, se non lo hai ancora fatto, ti consiglierei cmq di mettere una label (basta farlo da winsozz), a ciascun disco così da sapere esattamente quale sia quello che sotto winsozz è C o D ecc ecc
Ad ogni modo se il problema è esclusivamente wine puoi usare questa guida (specifica per ubuNtu).
In particolare guarda la sezione "Aggiungere Dispositivi"... se la procedura automatica dovesse fallire, puoi sempre "mapparli" manualmente inserendo il mount-point come spiegato per il cdrom.