Mah... da quel (poco) che so io e a rigor di logica, ricaricare i dati da un backup non dovrebbe in alcun modo lasciare il sistema "sporco" in quanto quando viene fatto il backup (ogni volta che l'iPhone "parla" con iTunes) non viene copiato l'intero contenuto del telefono ma solamente i dati.
Come prova di questo c'è il fatto che se venisse backuppato tutto il telefono non sarebbe necessario, ad esempio, re-installare tutte le applicazioni Cydia (che, appunto, non vengono backuppate).
Questo significa che l'installazione di un nuovo firmware ci presenterà un sistema "pulito" come appena uscito dalla fabbrica ed il successivo ricaricamento da un backup provvederà a ripristinare i dati che non andranno ad incidere minimamente sui file di sistema e non creeranno quindi alcun problema.

Questo è il principio base che tutti (noi) programmatori siamo tenuti a seguire nello sviluppo di un'appilcazione che preveda il ripristino dei dati.... sinceramente non penso che un'azienda come Apple (o una qualsiasi altra azienda con delle persone con un minimo di competenza) prevedano di ripristinare un sistema creando conflitti di versione del Sistema Operativo (a parte Microsoft che, in passato, problemi di questo tipo ne aveva eccome!)

Poi, ovviamente, vale sempre la regola che ognuno può fare come vuole