Per quanto riguarda la garanzia, con i programmi che si usano per flashare ti fai un backup del firmware attuale!
Se lo dovessi portare in garanzia semplicemente hai due strade:
1) la scheda principale non è partita del tutto --> ci ricarichi il firmware originale e via
2) la scheda principale è partita del tutto --> nemmeno loro sapranno mai che firmware c'era dato che ora è diventato frullato di bit!
Quindi se agisci con la dovuta cautela non avrai particolari problemi!