Da come hai descritto il problema, sembra che il portatile non venga spento ma ibernato (standby sull'hard disk). E' possibile che ci sia un bug/regressione nello stack ACPI di quella particolare versione del kernel oppure in qualche altro layer di sistema.
Che per caso hai modo di provare Fedora 12 (o altra distro recente), per vedere se il problema è presente anche lì?