Ho fatto così:

Prima un backup completo, seguendo questa guida:
guida backup android 4.0 senza root

Poi ho sbloccato il bootloader, rifatto il root, e poi ripristinato tutto dal backup.
Per il futuro non bloccherò mai più il bootloader così ai prossimi aggiornamenti posso rifare il root senza cancellare tutti i dati

ATTENZIONE: Il backup fatto con "adb backup" non salva gli SMS, per i quali conviene usare un'applicazione terza.