Secondo me la soluzione c'è (o meglio, c'era).
Alla mezzanotte del 30 settembre (magari successivamente ma con riferimento a quel momento) si poteva adeguare il credito sulla base dello stesso imponibile e con aliquota iva nuova. Contestualmente anche l'adeguamento di tutti i prezzi.
La cosa sarebbe stata ancora più facile se ci fosse stata una gestione a prezzi iva esclusa, e non è detto che non ci sia.