Una cosa simile ma un pò diversa mi è successa quando trasferivo 1TB di files da un disco ad un altro..

Ero convinto fosse colpa del maledetto winzozz, ma per motivi di comodità non volevo farlo su Ubuntu (ubuntu-it - Home)

Poi un amico sistemista mi ha detto di fare una banale scansione del disco dove erano ospitati i file sorgente..

E c'era un piccolo file da pochi kb che era 'corrupt' o comunque non intatto, e anche se non era un virus impediva la copia bloccando tutto il pc.

una volta eliminato il file correggendo il settore e per sicurezza anche deframmentando tutto il disco la copia non ha avuto problemi