1)questo vale per qualsiasi applicazione, eccetto che per quelle preinstallate
non appena c'è la necessità di fare traffico dati, ti apparirà quella finestra solo per avvertirti
se sei sotto copertura 3 e hai disabilitato il roaming allora non avrai sorprese. Hanno solo inserito quel messaggio per essere sicuro che tu sappia quello che stai facendo
2)ricordo che all'uscita dell'Inq1 (e del precedente Skypephone) c'era il limite dei 600 minuti di chiamate skype al giorno e non ricordo quanti messaggi msn/skype. Non so adesso se abbiano tenuti gli stessi limiti o se sia solo vincolato a non superare i 3 GB di traffico al mese (visto che hai Super Internet), ma in entrambi i casi credo sia abbastanza difficile superare questi limiti solo usando msn o skype.
Comunque per rispondere alla tua domanda, sicuramente anche solo lasciare msn o skype in background consuma un pò di bytes (per via delle funzioni di polling, aggiornamento lista amici, etc.).
Non so se siano conteggiati nel traffico dati effettuato, ma anche se fosse sono così pochi che puoi anche trascurarli.