Scusa, che senso ha avere il sistema su memoria flash (notoriamente più lenta e delicata) e poi un HD normale come storage? Piuttosto metti tutto su HD su partizioni separate!

Considera che la CF non è un SSD... hai un numero di cicli lettura/scrittura infinitamente inferiore, per cui già dovresti usare un fs senzo journaling e che scriva quanto meno possibile... il che già cozza con il concetto di 24h su 24h che vuoi portare avanti (un calo di tensione, un blackout, ma anche solo un piccolo problema di surriscaldamento può sempre capitare...).

Al massimo potrebbe aver senso usare un sistema embedded in jffs che poi viene interamente caricato in RAM e giri di lì... ma avendo l'HD non so quanto ti convenga lo sbattimento.

Cmq anche solo di alim + case spenderesti più che la soluzione non miniITX, quei 100-150€ buoni... non voglio sconsigliarti... dico solo... fatti i conti!