Presumibilmente hai qualche problema con grub.
Nell'ultimo passaggio prima che cominci l'installazione vera e propria, vedrai che hai delle opzioni "avanzate" in cui puoi scegliere dove mettere il boot manager (grub).
Non ricordo più dove lo vada a mettere di default Ubuntu, se nel MBR o nella prima partizione. In pratica scegli l'altra opzione rispetto a quella base che, a quanto pare, non ti funziona. Si questo vuol dire che lo devi reinstallare, ahimé... Probabilmente ci sono soluzioni alternative, ma questa dovrebbe essere la più semplice da spiegare.