Se hai creato una seconda partizione primaria win non è contento di trovare 2 partizioni primarie. Era meglio se liberavi lo spazio per la seconda installazione e poi la partizione la creavi in fase di installazione, cosi (se non ricordo male) veniva creata una partizione logica e il file boot.ini in c:\ veniva modificato in automatico. Almeno così succede installando Xp in due partizioni. Penso basti modificare il file boot.ini presente nella part c: x il come cerca su internet la stringa esatta. In alternativa cerca un boot manager alternativo, c'è ne di gratuiti.