Mmm, come sospettavo il sistema è sufficientemente intelligente da distinguere il dispositivo che si usa in un determinato momento. Da una recensione che ho letto in rete:

iMessages go to all devices that are set up with your Apple ID and are running iOS 5. However, only the most-recently-used device gets the iMessage notification. So, if you are having a conversation with someone via iMessage, only the device you’re having the conversation on gets each and every notification of a new incoming message.