Sì, il fatto che tu veda due reti con lo stesso nome è dovuto ad alcune implementazioni temporanee post-fusione. Puoi leggere qualche thread qui per farti un'idea:
http://www.mondo3.com/forum/wind-3/
Tra l'altro avevo capito che anche il tuo router fosse 4G, allora a questo punto è anche probabile che si fosse stabilizzato sulla rete "vera" 3 Italia non vedendone altre.
È comunque possibile che la SIM non avesse mai ricevuto via OTA la modifica della lista di reti vietate/preferite, e allora è servita la registrazione manuale che hai fatto oggi per togliere la rete "Wind" da quelle non accessibili. Oppure magari semplicemente aspettando un po' avrebbe provato a registrarsi da sola, trovando lo smartphone un segnale migliore.
In ogni caso, lieto di aver contribuito a risolvere il problema
Spero che rimarrai nel Forum, vedrai che troverai molte risposte alle tue domande sulla telefonia