Non sono completamente d'accordo!
In parte è vero, cioè vengono automaticamente eliminati i pacchetti obsoleti o, se si parla di un upgrade della release del sistema, quelli inerenti alla release vecchia che non trovano un corrispettivo in quella nuova.
La differenza, però, è che sia apt-get (e la gui Synaptic) in ambiente Debian/Ubuntu che yum (e la gui Yumex) in ambiente RedHat/Fedora, al termine della procedura pre-installazione, avvisano l'utente dettagliatamente riguardo alle operazioni che saranno svolte.
Tu saprai sempre quali pacchetto verranno installati, aggiornati o eliminati, quindi se un pacchetto non puoi perderlo potrai sempre abortire il processo senza che anche una sola virgola sia stata effettivamente cambiata nel tuo sistema!