Mi spiace ma nel tuo caso ha ragione l'università.
La laurea di primo livello non è titolo sufficiente per l'iscrizione alla laurea biennale. Molti atenei hanno varie tecniche di sbarramento, al politecnico di Torino, per esempio, c'è una norma (per adesso bloccata) secondo la quale, per proseguire con la laurea biennale, anche se proveniente dal medesimo ateneo, devi avere una media (pesata) di almeno tot.
Nel tuo caso, l'esame aggiuntivo non rientra nè nel piano di studi precedente (essendoti già laureato), nè in quello della laurea biennale cui ti sei iscritto (e nel quale non è previsto, trattandosi di un esame del corso di laurea triennale), per cui è configurabile come un esame "facoltativo" assimilabile a quelli dati in altri atenei, per i quali vengono riconosciuti solo un tot di crediti (nel tuo caso 0).
la risposta dell'università è corretta.
L'esame in questione non fa parte del piano di studi ufficiale, per cui non ti può essere riconosciuto come crediti formativi.
Detto questo, il consiglio che posso darti (anche se odio dare consigli) e di andare a parlare con qualche professore di esami "regolari" che potresti inserire nel piano di studi, spiegargli la tua situazione (sottolineando che tu, quell'esame, a Bologna non l'avevi proprio, e che quindi è un esame che hai sostenuto in pieno e a titolo di parziale completamento), e vedere se ti può venire incontro.
Trovando il professore giusto, probabilmente, ti farà sostenere un'esame integrativo pro forma, senza la necessità di tirar in ballo il consiglio di facoltà!