Non so che sistema operativo usi, io con linux uso ffmpeg e le opzioni che mi hanno dato più soddisfazioni (per film interi) sono state:

ffmpeg -i "file_di_input.avi" -f mp4 -vcodec libx264 -r 30 -s 320x240 -acodec libfaac -ar 32000 -ab 128k -ac 2 -threads 0 -async 1 -crf 26 -aspect 4:3 "file_di_output.mp4"

credo che le stesse opzioni siano applicabili anche ad altri formati di input (come dvd, per intenderci).