esistono centinaia di utility per far quello che ti serve...

Di solito si chiamano "ghost tool".. e servono per copiare le partizioni di tutti i tipi, nascoste e non e sono molto utilizzate per replicare, ad esmepio, installazioni tra computer identici...

Posso suggerirti una versione opensource: SourceForge.net: G4L

Altrimenti puoi cercare una versione trial di Norton Ghost o similare...