Io consiglio di scaricarti Ubuntu 8.04, da zero, lo masterizzi e lo installi sopra quello che hai ora, lasciando intonsa la partizione /home. Così hai il sistema nuovo di zecca, perfettamente funzionante, e con tutti i tuoi settaggi di prima. Sempre che tu abbia messo la /home in una partizione a sé stante, altrimenti la cosa è più noiosa...

Comunque ormai synaptic lo uso pochissimo, trovo spesso più pratico il banale Aggiungi/rimuovi nel menu Applicazioni.