Secondo me hai qualche worm/trojan installato...anche se in generale i pesanti rallentamenti sono causati dai rootkit...
Prova a fare una scansione con HijackThis e poi posta qui il log.

Poi prova anche a fare una scansione con AVG Anti-RootKit e vedi se rileva qualcosa.

Poi prova anche una scansione con VirIT.