è sempre difficile dare consigli senza diagnosticare in prima persona.

comunque....se usi firefox prova ad usare IE (o viceversa) e vedi se il problema persiste.
probabilmente si, allora con hijackthis esamina tutti i task/processi attivi e guarda cosa crea problemi.

spyware potrebbe non essere se hai confermato l'installazione di un file scaricato (e quindi troveresti qualcosa nell'elenco applicazioni installate).

comunque usa Spybot e Adaware per il controllo di spyware, trojans e porcheria varia.

ciau