Veramente i permessi di "root" (cioè di amministratore supremo del sistema) si applicano alla ROM (anche ufficiale), e servono per poter "sbloccare" determinate funzioni, soprattutto di "sviluppo" (come ad esempio l'accesso in scrittura al filesystem per poter modificare applicazioni e temi).
Per installare una ROM diversa (che può voler dire una ROM non ufficiale, o in gergo "cooked") ti serve una immagine di recovery modificata.
L'immagine di recovery è una particolare immagine di avvio del telefono, di solito lanciabile all'accensione mediante una combinazioni di tasti che cambia di telefono in telefono, che ti permette, tra le altre cose, di "ripristinare" un'immagine ufficiale, nel caso della recovery originale, oppure di flashare una nuova ROM o parte di essa (per esempio patches o modifiche a temi ecc ecc), nel caso di recovery modificate.
Tipicamente il root del dispositivo è abbastanza semplice da "rimuovere" (nel caso di telefono da spedire in garanzia), il ripristino della recovery originale invece potrebbe essere più complesso (e tracciabile) per cui nel primo caso i rischi di invalidare la garanzia sono soprattutto cavilli legali, nel secondo caso possono essere più, come dire, pratici.