Il problema di una fattura passiva sorge solo quando tu la porti in contabilità.
In questo caso la fattura non è falsa, perché il servizio viene effettivamente eseguito. Il fatto che tu non la registri più in contabilità determina solo che quell'Iva che avresti potuto recuperare rimarrà acquisita all'erario. Quindi, secondo me, nessun problema!