mmm qui le cose sono due:

1- php esiste ma non ha i corretti permessi di esecuzione
2- hai gli handlers per i file php sputtanati...

Nel codice di suPhp leggo che il tipo di eccezione è dovuta a:
Codice:
TargetMode suPHP::Application::getTargetMode(const std::string& interpreter)
    throw (SecurityException) {
    if (interpreter.substr(0, 4) == "php:")
        return TARGETMODE_PHP;
    else if (interpreter == "execute:!self")
        return TARGETMODE_SELFEXECUTE;
    else
        throw SecurityException("Unknown Interpreter: " + interpreter,
                                __FILE__, __LINE__);
Come vedi per php si aspetta di avere un handlers nel formato

Codice:
x-suphp-php=php:/usr/bin/php-cgi
o similare

Prova a controllare gli handlers nel file di conf di apache, magari ne hai qualcuno commentato!