Fai un backup dei segnalibri (segnalibri, gestione segnalibi, escporta, ecc), disinstalla firefox, abilita la visualizzazione delle cartelle e dei file nascosti sul pc, cerca e cancella tutto ciò che ha a che fare con Firefox (dovresti trovare una cartella dentro document and setting/impostazioni locali/ecc), reinstalla firefox e guarda se i popup riprendono vita.
EDIT: non hai dei plugin che vanno a fare lo stesso lavoro del blocco dei popup, vero?