è la conferma alla mia ipotesi

c'è qualcosa tra le applicazioni installate che causa l'errore, qui Saurik spiega un po' cosa sta succedendo:

Skype Substrate · Cydia

probabilmente qualche aggiornamento o nuova installazione ha "rotto" l'equilibrio che c'era prima

hai per caso Backgrounder attivo e messo Skype in background?